16世紀後半にこの地方にキリシタン集団が生まれた。キリシタン弾圧の時期は隠れキリシタンとして、1892年信徒発見までその存在は明らかでなかった。双塔ロマネスク様式風のレンガ造の教会は、本田保神父は熱心な信者のもと建設を計画し、信者の奉仕作業、外国からの資金援助を受け大正2年に完成した。設計施工は、当時、教会建築の名工鉄川与助氏で、彼の作品の中でも最大かつ秀逸。

　平成27年7月、国の重要文化財に指定。